L’interesse naturalistico nei confronti delle Bocche di Bonifacio è nato negli anni ’60 durante una prima missione oceanografica, in cui venne evidenziata una vasta biodiversità per quanto riguarda sia la flora che la fauna marina e terrestre. Nel 1966, il Consiglio Generale della Corsica decise di adottare misure per proteggere la flora e gli arcipelaghi avifaunistici di Lavezzi e Cerbicale, estendendo poi nel corso del tempo lo status di riserva naturale alla zona che occupa ormai quasi tutto lo stretto specchio acqueo tra la Corsica e la Sardegna, a causa della “posizione chiave che occupano nel crocevia biogeografico che rappresenta lo Stretto di Corsica”. Seppur principalmente marina, la Riserva Naturale delle Bocche di Bonifacio gestisce oltre 180 ettari di terra, costituiti principalmente da isole marine ad alto valore storico.
Comprende lo specchio acqueo prospiciente la costa che va dal golfo di Roccapina a Punta Di à Chiappa.
Comprende le isole Cerbicale e si estende fino a Punta Di à Chiappa.
Comprende lo specchio d’acqua in cui si trovano le isole Lavezzi.
Comprende lo specchio acqueo prospiciente il tratto costiero che va da Capo di Feno a Capo Pertusato.
Comprende lo specchio d’acqua che va dalle isolette di Bruzzi e l’arcipelago di Les Moines.