L’area marina delle Isole Egadi è formata da tre isole: Favignana, la più grande con una superficie di 33 kmq; Marettimo con superficie 12 kmq e Levanzo con 10 kmq. Comprende inoltre alcuni isolotti e scogli quali l’isolotto di Formica, lo scoglio di Maraone e lo scoglio dei Porcelli. Ogni isola dell’arcipelago presenta le sue peculiarità paesaggistiche: Favignana ha la parte orientale pianeggiante, ricca di spiagge e calette, mentre il versante occidentale presenta coste alte e rocciose. Le isole di Marettimo e Levanzo hanno una natura spiccatamente montuosa con coste alte e scoscese e sono soprannominate le “Dolomiti nell’azzurro mare”. La vegetazione dell’arcipelago è costituita da macchia mediterranea. Sono state censite oltre 500 specie di piante comprendenti arbusti di Leccio, Erica arborea, Cisto, Senecio e un piccolo bosco di Pini d’Aleppo. Ad una natura selvaggia e incontaminata si accompagnano acque tra le più limpide e ricche di specie animali e vegetali del Mediterraneo. Le rocce sottomarine di Levanzo e Marettimo favoriscono l’insediamento, entro i 30-40 m di profondità, di Alghe brune del genere Cystoseira mentre il substrato sabbioso di Favignana favorisce lo sviluppo della Posidonia oceanica che cresce anche a profondità superiori ai 40 m. Altra specie comune in questi fondali è la Pinna nobilis il più grande mollusco bivalve del Mediterraneo. Ad impreziosire e colorare i fondali dell’arcipelago, meta di molte immersioni, troviamo il coralligeno che si sviluppa sia vicino la superficie che oltre i 30-40 m di profondità. Negli anfratti rocciosi trovano rifugio Cernie, Gronchi e Aragoste. Qui, vi è inoltre un ricchissimo patrimonio archeologico fra cui i resti delle navi affondate durante la celebre battaglia delle Egadi del 241 a.C. tra Romani e Cartaginesi. Nelle seguenti località sono stati realizzati dei percorsi naturalistici subacquei con apposite boe: Favignana – secca Sciubba : 37 57 47N – 12 18 27E / Levanzo – Capo Grosso: 38 01 25N – 12 19 96E / Formica – itinerario sulla Posidonia: 37 59 39N – 12 25 32E / Marettimo – Punta Mugnone: 37 59 48N – 12 01 57E / Marettimo – secca di Punta del Mugnone: 37 59 47N – 12 01 54E / Merettimo – secca del Cretazzo: 37 56 97N – 12 03 27E. L’area protetta ha una superficie di 53.810 ettari ed è stata istituita nel 1989. Il parco è suddiviso in quattro zone, con differenti normative : zona A di riserva integrale, la zona B di riserva generale, la zona C di riserva parziale e la zona D di protezione.
Comprende il tratto di mare che si estende dalla costa, compresa tra la punta che delimita a SW Cala Bianca ed il faro a S di Punta Libeccio, fino all’isobata dei 50 m.
Comprende la zona di mare trapezoidale che si estende fino a 0,5 NM di distanza dalla costa.
Comprende la zona di mare tra la punta a SW di Cala Bianca, Punta Troia e l’isobata dei 50 m.
Comprende la zona di mare tra Punta Bassana, il faro a S di Punta Libeccio e l’isobata dei 50 m.
Comprende la zona di mare tra Capo Grosso, lo scoglio Il Faraglione e l’isobata dei 50 m.
Comprende il tratto di mare entro 0,5 NM da Punta Faraglione.
Comprende la zona di mare racchiusa tra la linea spezzata distante 0,5 NM dalla costa a S, a N ed ad E e distante 0,16 NM a W.
Comprende la zona di mare attorno a Marettimo, esterno alle zone “A” e “B”.
Comprende la zona di mare attorno alle isole di Favignana, Levanzo, Maraone e Formica.
Comprende il residuo tratto di mare all’interno del perimetro della riserva.