Alte falesie, coste rocciose poco inclinate, piccole cale sabbiose, scogli isolati, grotte e archi naturali sono il paesaggio tipico di queste isole. La vegetazione è costituita da pinete a Pino d’Aleppo e l’endemico Fiordaliso delle Tremiti a San Domino, macchia a Lentischi a San Nicola e Gariga a Caprara. I popolamenti marini costituiscono un vero patrimonio naturalistico. Ai primi metri di profondità si possono già vedere spugne coloratissime, eleganti anellidi e una ricca copertura algale incrostante e madreporari. Nel fondale tra Cala Matano a San Domino e Caprara è presente una rigogliosa prateria di Posidonia con esemplari di Pinna nobilis e Cavallucci marini. Molto ricca è la comunità del coralligeno con Gorgonie rosse e gialle, Margherite di mare, Briozoi e Spugne a candelabro. La fauna comprende Donzelle pavonine e Cernie, che raggiungono il metro di lunghezza. L’area protetta ha una superficie di 1.509,07 ettari ed è stata istituita nel 1989. Il parco è suddiviso in 3 zone: la zona A di riserva integrale comprende il tratto di mare che circonda l’isola di Pianosa; le zone B di riserva generale dell’area protetta sono due: la zona di mare dell’isola di Caprara che comprende la parte costiera dell’isola da Cala Sorrentino allo scoglia Caciocavallo, verso l’esterno dell’arcipelago e la zona di mare dell’isola di San Domino compresa tra il faro Punta Provvidenza e Punta Secca; la zona C di riserva parziale comprende il tratto di mare circondante l’isola di San Nicola, l’isola di San Domino e l’isola di Caprara.
Comprende un tratto di mare che circonda l’isola di Pianosa.
Comprende la zona di mare antistante la costa SW dell’isola di San Domino.
Comprende la zona di mare antistante le coste W, N ed E dell’isola Caprara.
Comprende il residuo tratto di mare dell’area tra l’isola di San Domino, San Nicola e Caprara, non compresa nella zona B.